Le groupe death metal Hypocrisy a été créé en Suède en 1990, lorsque le guitariste Peter Togtgren a été particulièrement inspiré par la scène death metal pendant sa visite en Floride. Avant de retourner en Suède, Peter a promis à Phil Fasciana de Malevolent Creation qu'un contrat et un groupe death metal allait être avec lui lors de son prochain passage aux États-Unis. En Suède, Peter a commencé à travailler sur du matériel, mais en raison du manque de musiciens, il a tout enregistré lui-même. Par contre, le vocal ne donnait pas le résultat désiré, alors il a contacté Masse Broberg (ex-Votary) et il s'est ajouté à Hypocrisy avec le bassiste Mikael Hedlund. Une seconde démo a été enregistrée et un contrat a été signé avec Nuclear Blast. Hypocrisy était encore à la recherche d'un guitariste et d'un batteur. Peter a demandé à deux amis qui jouaient avec Epitaph aux États-Unis, Lars Szoke (batterie) et Jonas Osterberg (guitare), de se joindre. Hypocrisy a fait son premier spectacle le 6 juin 1992.
Le premier album d'Hypocrisy, "Penetralia", a été mis en vente en octobre 1992 et enregistré au studio de Peter. En juin 1993, Relapse Records distribue "Pleasures of Molestation" dans une série spéciale. Nuclear Blast a suivi peu après avec la sortie de "Osculum Obscenum" en septembre de la même. Pour satisfaire les amateurs, Hypocrisy produit le EP "Inferior Devoties" sur Nuclear Blast en juin 1994. Cette sortie est devenue un nouveau chapitre pour le groupe, puisque les membres allaient diminuer pour devenir Lars, Mikael et Peter, qui a fait les vocaux de façon permanente. Le groupe a pu jouer en Europe avec Brutality. C'est pendant cette période que l'album "The Fourth Dimension" a été enregistré. Il proposait des passages atmosphériques, sombres, et des guitares influencées du rock tout en gardant la marque de commerce d'Hypocrisy.
En 1996, le groupe offre l'album "Abducted" et le EP "Maximum Abduction", un album diversifié avec des influences thrash metal des années 80. Il a été enregistré au Abyss Studios de Peter. Relapse Records a mis en vente une édition limitée 7" avec "Carved Up" de Abducted, en plus de "Beginning of the End", une pièce exclusive.
En 1999, deux autres productions sont mises en vente. Tout d'abord, un VHS et un album live nommés "Hypocrisy Destroys Wacken" qui a été enregistré au festival Wacken Open Air le 8 août 1998. Le DVD de ce spectacle a été disponible sur le marché en mars 2001. Toujours en 1999, le groupe produit un album éponyme avec les membres Peter Tägtgren (guitare à 7 cordes/vocal/clavier), Michael Hedlund (basse) et Lars Szöke (batterie). En août 2000, leur septième album, "Into The Abyss", voit le jour. Une édition digipack limitée a également été mise en vente.
En août 2001, Nuclear Blast fait un cadeau aux amateurs avec la compilation "10 Years of Chaos and Confusion", elle contient 14 pièces. En mars 2002, Hypocrisy change un peu son style lors de la sortie de l'album "Catch-22". Les membres mentionnent qu'ils ont influencé par la nouvelle sonorité, dont Slipknot, ce qui explique le changement dans le style qui n'a pas été très apprécié en général par les critiques.
En février 2004, l'album "The Arrival" est mis en vente. C'est le dernier album avec le batteur Lars Szöke et un vidéoclip a été enregistré pour la pièce "Eraser". Le nouveau batteur devient Reidar Horghagen,le second guitariste Andreas Holma s'ajoute et le groupe enregistre l'album "Virus". Les premières copies de ce disque ont eu des problèmes dans l'enregistrement et Nuclear Blast a fait un rappel avec un échange du disque. Un vidéoclip de la pièce ""Scrutinized" a été enregistré. En 2006, Hypocrisy continue de faire quelques performances sur scène.