En 1993, Pablo Alvarez, Sebastián Vergara, Felipe Castro et Marcelo Ruiz étaient les seuls jeunes dans leur classe à avoir une guitare électrique. Ils aimaient le metal, alors ils ont commencé à composer des pièces ensemble. Quatre pièces, toutes incluses dans leur premier enregistrement, "Demo-I". La musique sur cette démo se rapproche de Paradise Lost. Ils viennent de Santiago au Chilie. Coprofago vient du Grecque: Copro veut dire shit (merde) et Fago veut dire eat (mangé). En 1996, le bassiste Pablo Solari et le batteur Ignacio Suit ont quitté le groupe.
Après ces événements, ils ont commencé à ajouter quelques passages jazz à leurs nouvelles compositions, c'était "Images Of Despair", leur premier disque studio en 1999. Peu après la sortie, le bassiste, Felipe, a quitté pour se concentrer sur ses études, il a été remplacé par Rodrigo Castro. Avec cet alignement, ils ont enregistré "Genesis", leur deuxième album, qui a été mis en vente en janvier 2000. Ce disque a donné plus de visibilité au groupe et ils ont joué lors de plusieurs spectacles dans leur pays natale, le Chilie. L'album a été mis en vente au niveau mondial par Sekhmet Records en 2002. En 2004, Felipe Castro effectue un retour avec Coprofago.
En 2005, ils mettent en vente leur troisième album, "Unorthodox Creative Criteria". Ils ont fait des tournées en 2005 en Europe. À noter que l'album est distribué au Canada par Galy Records.