Necrophagist fut fondé au début 1992 pour fusionner la furie du "grinding" et le death metal rapide à la musique progressive. Peu après que le groupe soit formé, ils sont entrés en studio et ont enregistré leur premier démo intitulé "Requiems Of Festered Gore". Ce démo ne fut jamais publié et n'a été envoyé qu'à des fins promotionnelles pour aider le groupe a booker quelques spectacles.

En 1995, Necrophagist ré-entrèrent en studio pour enregistrer un autre démo au nom du groupe. L'impact de ce démo envoya de très grosses ondes dans la scène death metal "underground" européenne, ce qui aida Necrophagist à non seulement établir leur nom, mais aussi à faire plusieurs concerts partout à travers l'Europe. Ils devinrent rapidement reconnus comme l'un des groupes les plus prometteurs de la scène death metal progressif/technique.

En 1999, ils enregistrèrent leur premier album complet, "Onset Of Putrefaction". Malgré le nombre limité de copies publiées, cet album ne fit que solidifier la réputation toujours grandissante qu'ils avaient entamé avec leur démo précédent. Necrophagist devinrent rapidement le standard en matière de death metal progressif. Unissant les influences de différents styles, incluant la musique clasique, "Onset Of Putrefaction" présentait la dextérité, la brutalité inhumaine et la furie du groupe!

Avec cet album, ils réanimèrent la genre death metal brutal que plusieurs avaient quitté ou considéraient comme mort. "Onset Of Putrefaction" devint rapidement une influence pour des hordes de jeunes musiciens et groupes death metal de l'Europe. La très bonne réponse face à l'album aida Necrophagist à être reconnu et à performer avec d'autres excellents groupes connus comme Cannibal Corpse, Napalm Death et Sinister. Cette attention résultat également en leur apparition à de nombreux festivals, incluant le Fuck The Commerce en Allemagne, le légendaire Brutal Assault en République Tchèque et le Maryland Deathfest aux États-Unis.

En 2004, ils signèrent avec la compagnie Relapse Records et étaient prêts à publier l'écrasante "Epitaph" sur le monde. Une fois de plus, Necrophagist ont repoussé les limites du death metal progressif et technique, les amenant à un standard extrême que les autres suivront tous. Ils sont littéralement allés où aucun autre groupe n'est encore allé auparavant. En 2006, le guitariste Christian Münzner est remplacé par Sami Raatikainen. La même année, ils font une tournée en Amérique du Nord, dont une halte au Medley à Montréal le 14 novembre en compagnie de Cannibal Corpse, Dying Fetus et de Unmerciful.

En 2008, Romain Goulon remplace Hannes Grossmann à la batterie.