L'histoire du groupe black metal mélodique du Danemark a débutée en 1997 lors de la rencontre de Peter Falk (guitare/vocal) qui s'est joint au guitariste Jokum Thor Larsen. Lors de la première moitié de 1998, ils étaient à la recherche d'autres membres. Tobias Jensen et Artur Meinild ont joint à la basse et au clavier, et le premier nom du groupe a été Flagellation. Après beaucoup de travail en 1999, leur démo "Behind the Veil" est enfin terminée. Le disque a été envoyé à plusieurs compagnies et magasines. Par la suite, le groupe apparaît sur la compilation "Extremity Rising #4" de Serious Entertainment. Dès que la promo a été terminée, le batteur Christian Petersen a quitté le groupe. Comme suite au départ du batteur, le nom du groupe est devenu Illnath. Peter voulait se concentrer exclusivement sur la guitare et les compositions. Le groupe a contacté le chanteur Simon Thorsback (Ofring) et il s'est ajouté à la formation. Illnath a enregistré deux pièces à leur studio maison avec la batterie sur l'ordinateur. Vers la fin de l'année, il entre en studio au Borsing Recording à Århus avec le batteur de Susperia, Tjodalv. Au même moment, le guitariste Jokum a décidé de quitter le groupe.

Au début de 2001, le batteur Benjamin Johannesen joint le groupe, et Illnath a décidé de refaire l'enregistrement de la batterie de 2000. Le groupe a fait beaucoup de spectacles durant l'année et en septembre, le EP autofinancé "Angelic Voices Calling" est mis en vente. En 2002, la collaboration avec le producteur Jan Borsing a augmenté et il est devenu le gérant. Illnath a fait une tournée de 4 spectacles avec le groupe danois Illdisposed, et il a vendu près de 500 copies de "Angelic Voices Calling" au Danemark. Malgré plusieurs offres des compagnies, le groupe a décidé de s'occuper lui-même des frais de l'album. L'album "Cast Into Fields of Evil Pleasure" a été enregistré au Borsing Recording et le chanteur Simon a quitté après avoir enregistré ses parties vocales. Illnath a contacté Valgalder Records, et il s'est fait mettre en contact avec Bjørn Olav Holter ("Narrenschiff"). Pendant l'automne, Illnath a reçu une offre de Worldchaos Production.

Au début 2003, Benjamin revient dans le groupe. En mars, Illnath joue deux concerts au Tex et 1000-fryd avec le groupe Arch Nemesis. Les mois suivants sont utilisés pour créer du nouveau matériel pour le prochain album. Lors de l'été, Illnath a reçu une offre de Konkhra pour une tournée en novembre. Avant la tournée, le bassiste Tobias a quitté, mais il a été remplacé par le bassiste de Arch Nemesis, Andre "Chain" Trevland. Suite à la tournée, Benjamin quitte une seconde fois, et le reste du groupe continuait à préparer du matériel.

En 2005, le second album de Illnath, "Second Skin of Harlequin", est retardé longtemps en raison d'une situation financière instable au Japon. Pendant ce temps, Pete et Tyr se sont ajoutés à 7thorns. Peu de temps après, le batteur et fondateur de 7thorns, Lars joint Illnath. Le groupe a fait deux spectacles à Thisted et Albertslund en mai 2005. Ces prestations sont remarquées avec le départ de Tobias qui voulait passer plus de temps avec sa famille. Vers la fin de l'année, le nouveau bassiste est Kenneth.

En 2006, l'alignement est complet et leur nouveau matériel est pratiquement terminé. En août 2006, le second album, "Second Skin Of Harlequin", est mis en vente. Vers la fin d'août et début septembre 2007, Illnath devait faire une tournée avec Dismember et Necrophobic, mais elle a été annulée.