Le groupe a été créé lors de l'automne 1999 par le guitariste Steve Bouchard et le batteur Yanick Lemieux. Yan et Steve avaient déjà joué ensemble, deux ou trois fois, mais ils étaient tous les deux dans un groupe et les collègues de Steve dans Virtual Fate n'appréciaient pas vraiment le fait qu'ils soient dans deux groupes à la fois. Steve aurait pu apporter des choses au groupe de Yan qui n'auraient pas été utilisé pour Virtual Fate, alors il est resté avec eux, parce qu'ils étaient des amis de longue date. Toutefois, il a quitté Virtual Fate un peu plus tard en raison des tensions qui augmentaient et le fait que le groupe de Yan venait de se séparer. Donc, le temps était parfait pour commencer une nouvelle aventure.
Lors de l'hiver 2000, après l'écriture de quelques chansons, Steve et Yan cherchaient d'autres musiciens pour former un groupe de metal progressif. Ils ont contacté un clavieriste, puisque ce dernier aurait entendu parler du projet, alors il serait peut-être intéressé. Ils avaient prévu une pratique et il était venu avec un ami, Sylvain. Ce dernier a commencé à jouer de la basse pour le groupe. Après l'enregistrement d'un demo, Sylvain est passé de la basse à la guitare et s'est chargé en même temps du clavier. Yan a eu l'idée du mot Skeyes et Steve du mot Hidden, ils ont décidé de mélanger les deux mots pour donner le nom du groupe, Hidden Skeyes. Ils cherchaient encore un bassiste et un chanteur. Sur le bord du désespoir, ils ont rencontré Daniel, un chanteur power metal avec une voix haute et puissante. Cependant, il débutait et il manquait d'expérience, ils ont décidé de ne pas utiliser ses services. Un an plus tard, il est revenu plus fort et plus confiant que jamais. Pour le cas des bassistes, ils ont changé beaucoup jusqu'au temps où ils découvrent Jeff, qui jouait avec Southern Cross.
En 2002, ils ont enregistré leur premier demo officiel et ils ont joué dans quelques spectacles, après une longue attente. Malheureusement, Jeff a quitté Hidden Skeyes pour se concentrer sur Southern Cross.
En mars 2003, ils sont entrés en studio avec un petit budget pour enregistrer "Arcane World", avec Pierre de Inner Struggle comme bassiste, mais avec qui ils ont fait quelques concerts également. Fred a joint le groupe comme bassiste. En 2004, ils continuent d'explorer le marché pour la sortie d'un album.
