Le groupe a été créé en 1998. Les premiers membres ont été Tomas Wäppling (voix), Patrik Lund (Guitare), Bo Pettersson (Guitare), Peter Wiberg (Bass) et Stefan Svantesson (batteur). En octobre 1998, ils ont enregistré le demo de 4 chansons, The Blood of Mortals au StudioMega en Suède. Le cd a été envoyé à quelques compagnies en Europe et aux États-Unis, mais avec aucun résultat pour le groupe et la musique n'a jamais été présenté au public. Ils ont recruté Tommie Johansson, qui avait seulement 17 ans à l'époque, pour donner un son supplémentaire avec le clavier. Toutefois, quand les problèmes ont commencé, Pettersson et Wiberg ont décidé de quitter le groupe pour faire leur propre projet solo lors de l'été 1999. Ils ont décidé de continuer Freternia pour travailler sur le deuxième demo et trouver de nouveaux membres.





Mikael Bakajev a remplacé Pettersson et Wäppling s'est occupé lui-même de la basse. Le nouveau matériel était terminé et ils ont pu aller au StudioMega pour enregistrer Somewhere in Nowhere en avril. Le demo a été envoyé à des compagnies un peu partout en Europe. Quelques jours plus tard, ils ont eu une réponse d'une petite compagnie suédoise, Loud N' Proud records. Ils ont signé un contrat pour un album et des nouvelles chansons ont été écrites par Tomas, qui croyait que le groupe devrait avoir un autre chanteur. Un bon chanteur a été trouvé en la personne de Pasi Humppi et en août, ils ont enregistré leur premier album, Warchants & Fairytales. Un peu après l'enregistrement de l'album, Patrik Lund a décidé de quitter le groupe pour des raisons personnelles. Alors, Freternia ont recruté Andreas Heleander. En juillet 2000, l'album a été mis en vente, presqu'un an après l'enregistrement.





Ils ont surtout des réactions en Allemagne et en Framce, mais ils n'avaient pas encore l'occasion de faire des tournées. Ils ont fait quelques spectacles au Paris Club Dunois. Malheureusement, Loud N' Proud ont fait faillite avant l'enregistrement du deuxième album. Freternia ont eu l'idée de faire un album concept et avec trois chansons, ils sont entrés en studio pour enregistrer un album promotionnel en février 2001. Cet album a été envoyé à deux compagnies, mais sans résultat. Tomas se sentait inconfortable avec le groupe dans son rôle de bassiste et compositeur. Il a décidé de quitter le groupe. La séparation avec Freternia a été officiel en avril 2001 quand Johansson a décidé de le suivre.





Après avoir tenter de créer quelques projets, le trio composé de Wäppling, Johansson et Svantesson ont décidé de compléter la formation avec Heleander, Wiberg & Humppi ont décidé de continuer Freternia. Ils ont fait un cd promotionnel et après quelques semaines et des négociations, ils ont signé avec la compagnie Arise records. En avril 2002, ils sont allés au Studio Underground à Västerås avec le producteur Pelle Saether et ils ont enregistré A Nightmare Story. Un mois après l'enregistrement, le batteur Stefan Svantesson quitte le groupe et il est remplacé par Martin Tilander. En 2003, c'est l'ancien guitariste de Zonata, Niclas Karlsson, qui joint Freternia.