Créé à Kolbotn, Norvège, en 1987, leur histoire débute sous le nom Black Death. Après quelques démos, le groupe signe avec Peaceville Records pour un contrat pour quatre albums. Suite à leur changement de nom pour Darkthrone, le groupe distribue leur premier album "Soulside Journey" en 1991. L'album était surtout orienté vers un death metal technique avec des structures progressives, une batterie complexe, rapide, en plus d'inclure des éléments black metal dans les "riffs". Peu après, Darkthrone change leur style pour ce qui allait devenir une référence dans la scène black metal, arborant également de la peinture sur le corps et des surnoms occultes. À ce moment, le bassiste Dag Nilsen quitte, mais il joue encore en studio sur l'album "A Blaze in the Northern Sky" (1992), qui était inspiré par les travaux de Bathory et Celtic Frost. Les vocaux changent encore beaucoup, même Peaceville Records n'était pas certain du résultat en raison de la grande différence de leur début death metal.
Le groupe continue sur la voie black metal avec leur album suivant, "Under a Funeral Moon" (1993), qui est devenu un classique dans le style. En 1994, c'est l'album "Transilvanian Hunger" qui est mis en vente. Ces sorties proposaient un son très agressif et une qualité d'enregistrement pauvre. Darkthrone se faisait connaître de plus en plus et il influençait déjà plusieurs formations.
Par la suite, Darkthrone signe avec Moonfog pour les prochaines sorties. Après l'enregistrement de l'album "Panzerfaust" (1995), Zephyrous (Ivar Enger) quitte, même s'il n'a pas participé aux deux derniers albums. Le groupe mentionne que sa dernière participation datait de "Under A Funeral Moon". "Total Death" (1996) a été enregistré avec des paroles de différents musiciens de la scène metal. En 1997, Darkthrone a mis en vente l'album "Goatlord". Il a été distribué sur cassette entre "Soulside Journey" et "A Blaze In The Northern Sky". Il avait été mis de côté en raison du style entre le death et le black. Le batteur Fenriz et Satyr (de Satyricon) a ajouté son vocal sur certaines pièces à l'enregistrement en 1994. "Goatlord" a été très critiqué.
En 1999, l'inspiration de Celtic Frost se fait encore plus sentir lors de la sortie de l'album "Ravishing Grimness". Plusieurs amateurs ont critiqué l'album, puisqu'il était mieux produit. En 2000, "Plaguewielder" est disponible et le résultat de leur évolution se poursuit par la suite. En 2003, l'album "Hate Them" est un petit retour aux sources quant à sa production et à son style.
En 2004, l'album "Sardonic Wrath" est mis en vente. Il est considéré comme un vrai retour aux sources. En 2005, Darkthrone signe une nouvelle fois sur Peaceville Records. Le groupe a crée sa propre compagnie, Tyrant Syndicate Productions, mais les disques étaient toujours distribués par Peaceville Records. Pour célébrer leur retour, Peaceville distribue le coffret "Preparing for War" qui couvre la première ère du groupe avec un disque boni additionnel de démos et un DVD incluant des performances live rares. De plus, la compagnie remet en vente les quatre albums originaux.
En janvier 2006, le EP "Too Old, Too Cold" est mis en vente et contient des pièces exclusives et une reprise de "Love in a Void" de Siouxsie & the Banshees. En février 2006, Darkthrone rends disponible son 12e album, "The Cult Is Alive". Le vidéoclip de "Too Old, Too Cold" a été ajouté sur l'édition spéciale de "The Cult Is Alive".
En novembre 2006, Peaceville sort une édition limitée 7" EP nommé "Forebyggende Krig" exclusif sur leur site internet.