Le groupe a été créé en 1991 et ils ont été grandement influencé par Dream Theater dès leur début. Ils ont mis en vente leur premier demo en 1993. En 1995, ils ont pu réaliser leur premier album, "Inside The Moon", et le mettre sur le marché via la compagnie italienne Pick up Records. Athena mettait également en vedette le chanteur Fabio Leone (Rhapsody, Labyrinth, Vision Divine). Un premier album qui a été, en raison des influences, vraiment progressif. Cependant, lors de l'enregistrement de ce premier album, Alessio Mosti a pris la place de Fabio Leone, puisque ce dernier ne se sentait pas très bien. Toutefois, Fabio était le chanteur pour le second opus, "A New Religion?". Ils ont opté pour un mélange progressif et power metal. Cet opus a été mis en vente le 19 Juin 1998 par Rising Sun Records. La charge de travail de Leone était devenue trop élevée, il a donc quitté le groupe par la suite. En 2001, ils ont signé un contrat avec Noise Records et ils ont mis en vente leur troisième album, "Twilight of Days". Pour un troisième album de suite, il y a eu un changement de chanteur avec l'arrivée de Francesco Neretti (Shining Fury). De plus, le guitariste Graziano Poggetti s'est joint à Athena, le bassiste Alessio Sabella a été remplacé par Fabio Doveri et le batteur Matteo Amoroso a été remplacé par Ross Lukather. Au fil des trois opus, ils ont produit trois albums avec un style, un chanteur et des musiciens différents. La formation s'est séparée un peu plus tard. En 2001, le chanteur Francesco Neretti et le batteur Ross Lukather ont formé Shining Fury.