Atheist a été créé en 1984 en Floride aux États-Unis et il oeuvre dans un style combinant le death metal, le progressif et le jazz. À l'époque, le groupe se nommait Oblivion en 1984 et il a été formé à Sarasota par Kelly Shaefer comme guitariste et un batteur du nom de Mark, qui a été remplacé par Steve Flynn. Ils ont commencé à écrire du matériel comme "State Of Oblivion" et débutait l'apprentissage de leur instrument. Au début 1985, le groupe a changé son nom pour R.A.V.A.G.E. (Raging Atheists Vowing A Gory End) et recruté le chanteur Scrappy. Avec cet alignement, ils ont joué plus de matériel original comme "Undefiled Wisdom" et "On They Slay" mais également des reprises de Anthrax, Exodus, Trouble, Slayer. Plus tard, ils ont pratiqué avec Roger Patterson, un prodige qui jouait avec la formation thrash metal Aggressor et ça n'a pas été long avant qu'il joint les rangs de R.A.V.A.G.E.. Au même moment, ils ont laissé partir Scrappy qui était trop mélodique et Kelley s'est occupé du vocal.




En août 1985, ils sont entrés au Progressive Studios à Tampa pour enregistrer la pièce "Kill Or Be Killed" qui a été ajoutée à quatre autres pièces enregistrées live, le tout a été la démo "Rotting In Hell". En novembre 1986, ils ont ajouté un second guitariste, Mark Sczawtsberg. Un mois plus tard, ils ont enregistré leur premier vrai travail studio par la démo "On They Slay", La démo a eu d'excellentes réactions des médias et de la scène underground. Avant l'apparition sur la compilation "Raging Death" de Godly Records, Mark a quitté le groupe et il a été remplacé deux jours plus tard par Gary. Le disque a été mis en vente au milieu de 1987 et nous pouvons y retrouver les pièces
"Brain Damage" et "On They Slay" de R.A.V.A.G.E.. C'est le seul enregistrement où vous pouvez trouver des pièces du groupe sous ce nom, puisqu'ils ont changé pour Atheist pour ne pas se faire confondre avec un autre groupe du même nom de l'Illinois. Par la suite, ils ont enregistré la démo "Hell Halth No Mercy", qui contient une version de "On They Slay" plus heavy et plus rapide. Toutefois, la formation n'était réellement pas satisfaite du son de la démo, alors ils ne l'ont jamais vendue au public.




Au début 1988, ils ont recruté le guitariste Rand Burkey. En avril 1988, Atheist est entré au Morrisound Studios pour l'enregistrement de leur quatrième démo, "Beyond". Ils ont joué en compagnie de Testament, Violence, Death et Death Angel. Après plusieurs mois de négociation, ils ont signé avec Mean Machine Records. Le groupe est entré en novembre 1988 au Morrisound Studios avec l'aide de Scott Burns comme producteur, qui est connu pour son travail avec Sepultura, Death, Whiplash, Xecutioner, pour enregistrer leur premier album, "Piece Of Time". Malheureusement, la compagnie allait vers la faillite, alors ils ont cherché un autre contrat. Lors de 1989, Roadracer et Active Records ont montré de l'intérêt, et Atheist a finalement signé avec Active Records. Malheureusement l'album a seulement été mis en vente en Europe en 1990, et six mois plus tard en amérique via Metal Blade Records. Le matériel du nouvel album était pratiquement prêt en raison de la lenteur de la mise en vente du premier opus. En 1990, ils ont joué avec Napalm Death, Morbid Angel, Obituary, Forbidden, Death Angel, Exodus.




En août 1990, ils sont retournés au Morrisound Studios pour enregistrer une préproduction de leur deuxième album avec six nouvelles pièces. Au milieu de décembre 1990, ils sont allés en Europe pour la première fois où ils ont fait trois spectacles avec Candlemass. Ils ont fait une tournée américaine avec Candlemass en jamvier 1991 incluant un passage au Canada. Cependant, ils ont eu un accident automobile en Louisiane et ils ont dû retourner à la maison.
Roger Patterson est décédé le 12 février 1991 à l'âge de 22 ans suite à cet accident. Atheist a ajouté le bassiste Doug Keyser pour enregistrer leur deuxième album, mais il a refusé, alors Tony Choy s'est joint, comme joueur session. Le groupe est entré encore une fois au Morrisound Studios avec Scott Burns comme producteur en juin 1991 pour l'enregistrement de "Unquestionable Presence". Le résultat a été incroyable. Ils ont fait quelques prestations live avec Tony Choy avant que ce dernier quitte Atheist. Il a été remplacé par Darren McFarland. Au début de janvier 1992, ils ont fait une autre tournée américaine et canadienne avec Cannibal Corpse et Gorguts. Ce n'était pas l'alignement idéal pour Atheist et ils ont été hué à Toronto, San Antonio et Chicago par des gens qui ne s'attendaient pas à un metal aussi technique avec la brutalité de leurs collègues. En juillet 1992, le groupe était pratiquement mort. Kelly se concentrait sur le groupe qu'il venait de joindre, Neurotica, Steve était de retour aux études, Rand ne faisait rien et Darren a joint Cynic pour l'enregistrement de leur troisième album, mais ça n'a pas marché pour lui.




Avant de se concentrer totalement sur Neurotica, il devait terminer une obligation contractuelle avec Atheist qui devait mettre en vente un autre album avec Active Records dans une période de 40 jours. Il l'a fait avec le guitariste Frank Emmi, mais ça n'a pas fonctionné avec le batteur Mickey et le bassiste. C'est la raison pourquoi Tony Choy a fait un retour, il n'était plus impliqué avec Cynic. Kelly a demandé au batteur Josh Greenbaum de se joindre à eux. Deux semaines plus tard, Rand Burkey était également de retour, alors Atheist se retrouvait avec trois guitaristes. Au milieu de 1993, le groupe est entré au Pro-media Studios avec le producteur Mark Pinske. "Elements" a été mis en vente par Metal Blade aux États-Unis et ils ont signé un contrat avec Music For Nation pour l'Europe. Atheist a fait une tournée européenne avec Benediction et Cemetery. Pour cette tournée, ils ont recruté le batteur Marcell Dissantos puisque Josh avait des obligations avec River Phoenix. Le 24 octobre 1993, le groupe revenait de l'Europe quelques jours avant le dernier spectacle à vie pour le lancement de "Elements" au Club Detroit in St Petersburg, Floride. Quelques jours plus tard, une dispute interne au niveau financier a fait séparer de Tony et Marcell, tandis que Marcell venait d'être arrêté.




En 2005, le catalogue de Atheist est remis en vente par Relapse Records avec du matériel supplémentaire, des photos inédites, en plus d'un coffret vinyl limité à 1 000 copies.




En 2006, Atheist recommence à faire des spectacles avec une formation composée de Kelly Shaefer (Vocal)(1984 - 1993, 2006), Tony Choy (Basse)(1991, 1993, 2006
Steve Flynn (Batterie)(1984 - 1991, 2006), Sonny Carson (Guitare) et de Chris Baker (Guitare).