Basé à Vancouver, le groupe de thrash metal Annihilator attira l'attention pour la toute première fois avec leur cassette "Psycho Metal Kids" en 1984. Le guitariste et mentor du groupe, Jeff Waters, est reconnu pour infuser son groupe avec un côté créatif personnifié par son style de guitare inventif. Avant de créer Annihilator, Jeff Waters a été membre du groupe Trojan Hammer. Présentant comme "line-up" Waters, le chanteur John Perinbam, le bassiste Kevin Jung et le batteur Mike Lane, Trojan Hammer ne réussirent qu'à faire deux concerts, au Churchill Arms. Waters et Perinbam assemblèrent également un projet d'enregistrement, avec le batteur Mike Farmer, doublèrent The Jeff Waters Project avant d'assembler le premier "line-up" de Annihilator.
À ce stade, Annihilator n'était principalement qu'un duo du chanteur et guitariste Jeff Waters et du bassiste David Scott. En 1985, le groupe enregistra un autre démo qui résultat en "Welcome To Your Death", présentant John Bates au vocal et Richard Death à la batterie. Le "line-up" s'agrandit rapidement et un autre démo, "Phantasmagoria" avec Paul Malek à la batterie, ce qui lança le groupe vers un contrat avec Roadrunner Records. L'approche traditionnelle du metal d'Annihilator leur donna la prominence vers la fin de l'explosion de thrash et leur premier album "Alice In Hell" leur apporta plusieurs bonnes critiques.
Même si le guitariste Anthony Greenham, le bassiste Wayne Darley et le créateur de Assault, le batteur Ray Hartmann sont crédités sur le premier album de Annihilator, ils ne prirent pas part à l'enregistrement puisque Waters s'occupa lui-même de toute l'instrumentation. Avant l'album, le guitariste Casey Toews rejoignit Annihilator, mais fut renvoyé en seulement quelques jours.
Malgré le progrès rapide, la tension dans le groupe fit que Rampage disparut et plusieurs fans en furent malheureux. Le deuxième guitariste Anthony Greenham fit aussi du chemin pour Dave Scott Davis pour l'album "Never Neverland" sorti en 1990. Le chanteur crédité de Panther et de Prisoner, Coburn Pharr, prit la position au vocal juste quand Annihilator semblait sur le point de devenir un groupe majeur. Pendant ce temps, le batteur Paul Malek quitta à son tour, créant le groupe Ivory Knight. Waters avait toujours l'oeil sur la reconnaissance potentielle à l'extérieur du groupe et auditionna pour Megadeth en 1990. Selon Dave Mustaine, Waters fut près de pouvoir entrer dans le groupe, mais cela ne se produit pas.
Annihilator eurent un peu de visibilité après avoir supporté la tournée britannique "Painkiller" du groupe Judas Priest. Cependant, d'autres changements de "line-up" ralentirent le progrès avec l'album "Set The World On Fire" présentant un autre chanteur, Aaron Randall, avec Pharr qui était occupé avec Omen et Neil Goldberg qui supplanta Davis. La plupart des enregistrements de batterie sur cet album furent faits par Rick Fedyk du groupe Double Dealer et, plus tard, de King Karma et de Billy Butcher. Le "single" de cet album présenta une reprise de la chanson "Hell Bent For Leather" de Judas Priest.
Mike Mangini occupa la position de la batterie pendant cette période de flux avant de quitter pour rejoindre Extreme en temps pour leur apparition au Festival Castle Donington de 1994. Il y eut une fois de plus des changements de "line-up" pour Annihilator , qui étaient maintenant sans contrat avec Roadrunner, ce changements furent la réunion de Waters avec Davis, le bassiste Cam Dixon et le batteur Randy Black. En 1996, le groupe se retrouva à nouveau en un duo de Waters et de Black. Des musiciens contribuèrent cependant à l'album "Refresh The Demon", incluant le guitariste David et le bassiste Lou Bujdoso.
Waters prit du temps à l'extérieur de son groupe principal pour faire des apparitions sur des albums d'autres groupes du genre "Life's A Gamble" du Pokerface et, l'année suivante, l'album éponyme de The Distance.
En 1997, l'album "Remains" de Annihilator devint le projet solo de Waters. John Bates contribua cependant à l'album.
En 1999, sous la pression des fans, il réinstaurèrent Rampage pour faire l'album "Criteria For A Black Widow". Randell fonda pendant ce temps le groupe Speeed avec le guiratiste de Seven Witches et de Frostbite, Jack Frost, pour leur album de 1999, "Powertrip Pigs". L'ex membre de Liege Lord et membre de Overkill Joe Comeau joignit le groupe en 2000.
En Février 2001, Annihilator partit pour une tournée en tête d'affiche en Allemagne supportée par les groupes Nevermore, Soilwork et Rawhead Rexx. Le batteur Ray Hartman dut quitter et fut remplacé par Randy Black, qui était aussi occupé avec un ambitieux groupe projet allemand appelé Rebellion.
Pendant la deuxième moitié de l'an 2001, Annihilator se préparaient pour un nouvel album studio provisoirement intitulé "Waking The Fury" et prévu pour une sortie en Mars 2002 par SPV/Steamhammer. La version européenne fut publiée avec un enregistrement bonus "live" de "Shallow Grave" tandis que la version japonaise eut droit à une version "live" de "Refresh The Demon" enregistré en Roumanie. Pendant Novembre, le guitariste Curran Murphy de Aggression Core et de Nevermore joignit les rangs. Toutefois, le bassite David Scott dut quitter le groupe à cause d'une blessure. Annihilator annoncèrent des dates en Avril et Mai 2002 pour une tournée européenne commençant à Viennes, supportée par Seven Witches et Debase.
Dans une drôle de tournure, Waters se retrouva avec un vieux groupe de power metal épique, Savatage, pour leur tournée d'Été européenne de 2002 pour remplacer temporairement Al Pitrelli. Annihilator révélèrent en Octobre leur contrat signé avec la compagnie allemande AFM pour un album double "live" intitulé "Double Live Annihilation", prévu pour une sortie en 2003.
En Mai, le chanteur Joe Comeau quitta le groupe et Annihilator dut le remplacer avec Dave Padden, natif de Vancouver. L'horaire de la tournée européenne du groupe en Juin et Juillet contenait des apparitions au festivals allemands Rock Harz et Wacken Open air, l'événement italien Summer Day In Hell, le concert suisse Metal Dayz et le spectacle Waldrock des Pays-Bas. Avec Randy Black qui décida de se consacrer complètement à Primal Fear, le groupe dut accueillir de nouveau le batteur Mike Mangini en Octobre pour enregistrer un nouvel album studio intitulé "All For You" pour la compagnie allemande AFM. Le bassiste Russell Bergquist, poursuivant une carrière solo, quitta le groupe en Janvier 2004. Une nouvelle section rythmique, contenant le bassiste Sandor De Bretan, précédemment avec Sudden Thunder, et le batteur Rob Falzano fut installé en Mars. "All For You" présenta certainement un nouveau son pour le groupe, les fans et les critiques remarquant assez rapidement les similarités vocales de Padden avec Simon Le Bon et la musique contenant beaucoup plus de diversité qu'avant. Dans ces session, une chanson, "Weapon X", ne se rendit pas dans la sélection finale mais fut subséquemment publiée dans un téléchargement par Internet.
En Août, il fut révélé que Jeff Waters avait des discussions avec Dave Mustaine de Megadeth. Waters, un homme détenant déjà une place dans l'histoire de Megadeth, serait pris en considération pour le "line-up live" du groupe, mais cette union ne vit pas le jour. Waters fut plutôt engagé en tant qu'ingénieur d'un projet remix pour le groupe canadien Exciter, remixant les six premiers albums du groupe pour Megaforce Records.
Se gardant aussi actif, Joe Comeau devint le bassiste temporaire pour la concert de Painmuseum au festival du New Jersey March Metal Meltdown. Annihilator eurent également un bon nombre de dates de support pour la tournée européenne de Judas Priest en Juin.
En Octobre, Jeff Waters créa quelques vagues dans les médias en se proclamant ouvertement le "guitariste le plus rapide et le plus solide au monde". Par contre, peu se tenirent debout pour réfuter sa proclamation. En Septembre 2005, Annihilator publièrent l'album "Schizo Deluxe".