Originaire de la Belgique, les membres jouaient dans la scène underground depuis 1979, mais c'est seulement en 1988 que le nom Ancient Rites est apparu. Il a été créé par Günther Theys et Philip. Le premier batteur demeure encore inconnu, puisque son passage aura été temporaire et introduit par Philip. À ses débuts, plusieurs membres sont venus temporairement avant de trouver une meilleure stabilité.
En 1990, Ancient Rites a enregistré la démo "Dark Ritual". Malgré la popularité locale qui augmentait, les problèmes sont arrivés lorsqu'ils ont dû se séparer de leur batteur Stephan, il s'est suicidé par la suite en raison de problèmes personnels. Pour compléter la tragédie, le guitariste Philip est décédé dans un accident de voiture le 31 août 1990. Johan a également quitté puisque le concept de Ancient Rites ne lui convenait plus.
Günther ne voulait pas abandonner et il a commencé à chercher de nouveaux membres. La musique est devenue plus extrême, ce qui leur a fait perdre quelques anciens fans, mais le groupe a pu gagner de nombreux nouveaux amateurs à travers le monde. Puisque le black et le death metal n'était pas très populaire, ils ont créé leur propre compagnie, Fallen Angel Records, où ils ont mis en vente leur EP auto-financé "Evil Prevails". Suite à cette sortie, Ancient Rites a joué partout en Europe. Ils ont été obligé de renvoyer leur guitariste, Pascal, puisqu'il avait des obligations navales à respecter et ne pouvait pas aller en tournée.
Avec tout ce qui s'est passé en Norvège avec les églises et les meutres en 1992 et 1993, le tout a évidemment joué un rôle lors du passage de Ancient Rites avec Samael, Impaled Nazarene et Blasphemy. Plusieurs personnes étaient contre le black et les organisateurs ont reçu des bombes et des menaces de mort d'autres organisations religieuses. En 1994, Ancient Rites met en vente son premier album, "The Diabolic Serenades".
Leur compagnie n'a pas fonctionnée très bien, alors le groupe a signé avec Mascot Records et mis en vente son second album, "Blasfemia Eternal". Juste avant leur première tournée européenne comme tête d'affiche, leur guitariste, Bart, a décidé de quitter et de terminer sa carrière musicale. Puisque le groupe était incapable de trouver un guitariste pour tous les spectacles, il a fait appel à plusieurs invités comme Mike (Pentacle - Hollande), Blakkheim (Katatonia, Diabolical Masquerade - Suède), Raphael (Crucifire - Belgique), Chris (Absu, Bloodstorm - États-Unis) et Erik (Inquisitor - Hollande).
Pendant un an, ils ont eu plusieurs guitaristes sessions et décidé d'utiliser un clavier en concert. Éventuellement, Jan Yrlund et Erik Sprooten se sont ajoutés aux guitares, Walter van Cortemberg à la batterie, Oliver Phillips au clavier et Günther au vocal/basse. Leur troisième album, "Fatherland", a été enregistré avec cet alignement en 1998. Cependant, les organisations religueuses continuaient de s'opposer à eux et plusieurs accusaient le groupe d'avoir des messages politiques dans leur musique en raison des thèmes anciens et médiévaux.
En 2000, Ancient Rites a quitté Mascot Records et il a signé avec Hammerheart Records. Leur quatrième album, "Dim Carcosa", a été mis en vente à la fin de mai 2001. En octobre 2001, le groupe a renvoyé le claviériste Domingo Smets, puisqu'il n'était pas capable de jouer les parties complexes au clavier en spectacle. Il a été remplacé par Davy Wouters (Dance Macabre, Oblivion).
En 2003, leur premier album live est disponible, "And the Hordes Stood as One". Il a été enregistré à Biebob, Vosselaar, Belgique, le 14 juin 2002. La même année, un DVD du même spectacle est mis en vente. De plus, Bart Vandereycken revient avec Ancient Rites. À la fin de novembre 2005, le groupe a signé avec Season Of Mist et Domingo Smets revient avec la formation. En 2006, le cinquième album, "Rvbicon", est finalement disponible. Il a été enregistré au Spacelab Studio en Allemagne.