Le groupe black metal allemand avec influences gothiques Agathodaimon a été créé en septembre 1995 par Matthias Rodig (batterie) et Sathonys (guitare). Ils mettaient des annonces dans un magasine à la recherche de musiciens. Peu après, le bassiste Marko Thomas et le chanteur/claviériste Vlad Dracul se sont joints à eux. Deux mois plus tard, le guitariste Hyperion s'est ajouté. Le groupe a enregistré sa première démo, "Carpe Noctem" en avril 1996. Century Media a été surpris et la compagnie a commencée à surveiller le travail de Agathodaimon.
Plusieurs spectacles avec des groupes comme Desaster, Impending Doom, Ancient Ceremony ont eu lieu, en plus d'une petite tournée avec Ablaze My Sorrow et Beseech. Century Media a décidé d'aider financièrement Agathodaimon à enregistrer leur seconde démo, qu'à ce moment le groupe n'était pas en mesure d'enregistrer. Leur seconde démo se nomme "Near Dark" et elle a été enregistrée en mars 1997. Cependant, les négocations avec Century Media ont été longues, donc le le groupe a mis en vente la démo qui s'est écoulée à plus de 2 500 copies. Il a finalement signé avec Nuclear Blast.
Peu après l'enregistrement de leur premier album "Blacken The Angel", Vlad était de passage dans son pays natal de la Roumanie, mais il n'a pas été authorisé à retourner en Allemagne par les policiers. La Roumanie était redevenu en endroit sûre suite à quelques problèmes internes, alors il ne pouvait plus retourner en Allemagne. Le groupe a eu besoin de quelques artistes invités pour terminer l'album. Akaias s'est occupé du vocal et le clavier a été pris en charge par Vampallens (Marcel) de Nocte Obducta. Vlad a seulement pu contribuer avec la pièce atmosphèrique "Contemplation Song" qu'il avait envoyé par avion.
Après la sortie, le groupe a participé à plusieurs festivals et tournées avec Benediction, Dismember, Hypocrisy, Children Of Bodom, Raise Hell, Dimmu Borgir et Lacrimosa. Quand Vampallens a désiré se concentrer sur Nocte Obducta, il a été remplacé par Christine S.
À la fin 1999, le groupe a terminé son deuxième album, "Higher Art Of Rebellion", qui a été enregistré en Roumanie au Magic Sound Studio à Bucharest. Ils ont fait ceci puisque Vlad devait demeurer en Roumanie. De plus, Akaias peut être entendu sur cet album, en plus de Byron. En 2000, le groupe a participé au Wacken Open Air et plusieurs autres festivals.
Après un petit repos, il a travaillé sur leur prochain album, "Chapter III", qui a été mis en vente en novembre 2001. Par la suite, Vlad a quitté le groupe en raison des problèmes avec l'immigration. Le bassiste, Marko, a quitté dû à des problèmes au coeur. Il a été remplacé par Darin "Eddie" Smith", un ami proche du chanteur Akaias. De plus, le claviériste Felix Ü. Walzer a joint Agathodaimon, puisque Christine a quitté parce qu'elle n'avait plus de motivation à jouer au clavier.
En 2004, leur quatrième album, "Serpent's Embrace", est mis en vente. En 2006, Till Ottinger devient le nouveau bassiste. En 2007, Akaias (chanteur/guitariste) quitte la formation et le groupe prépare son cinquième album.
