Créé à l'origine par la séparation du groupe Aeolachrymae, Agalloch est apparu à Portland, aux États-Unis, en 1995 avec un folk/dark metal atmosphèrique. Le nom Agalloch est le nom d'un bois doux avec une odeur aromatique utilisée par les orientaux comme parfum. Leur musique combine la froideur, la douleur, la noirceur et des mélodies afin d'offrir un son très particulier. Il a été créé par J. Haughm et S. Breyer. Au début 1996, quelques pièces se formaient et lors de l'été, un second guitariste, L. Anderson a été trouvé. Plus tard à l'automne, leur première démo, "From Which Of This Oak", a été enregistré et peu après la sortie le bassiste J. William W. s'est joint à eux. En 1998, Agalloch a enregistré un album promotionnel pour les compagnies. Le tout a mené à une entente avec The End Records et en janvier 1999 ils sont entrés en studio pour enregistrer leur premier album. "Pale Folklore" a été mis en vente en juin 1999 et il a reçu de bonnes critiques pour son concept "grim" et son apport folklorique.
En 2000, le groupe a été assez silencieux jusqu'à la sortie du EP "Of Stone, Wind and Pillor" au milieu de l'année 2001. Il s'agit d'une collection de pièces exclusives de 1998 à 2001 qui inclus une reprise de Sol Invictus, "Kneel to The Cross". Cette pièce apparaît également sur l'album hommage double à Sol Invictus, "Sol Lucet Omnibus".
De la fin 2001 au début 2002, le groupe a enregistré leur second album, "The Mantle". D'une durée épique de 70 minutes, leur sonorité est devenue encore plus sombre. Il est en quelque sorte une expression d'une certaine exaspération de l'espoir.
Suite aux EP "Tomorrow Will Never Come" (2003) et "The Grey" (2004), Agalloch met en vente son troisième opus, "Ashes Against the Grain" via The End Records le 8 août 2006. Les critiques sont excellentes et le groupe envahit la scène européene en 2006 et 2007 pour en faire la promotion.